Cytoscape生物信息分析工具是一款便捷的廣泛的應(yīng)用在生物信息學(xué)領(lǐng)域的軟件，Cytoscape生物信息分析工具能夠高效的幫助用戶們進(jìn)行可視化的復(fù)雜生物分子交互分析，Cytoscape生物信息分析工具擁有便捷的數(shù)據(jù)導(dǎo)入、布局分析等等功能提供給你便捷的進(jìn)行生物學(xué)研究的使用，方便的給你帶來(lái)很好的數(shù)據(jù)分析使用體驗(yàn)，感興趣的用戶快來(lái)KK下載體驗(yàn)吧~

Cytoscape生物信息分析工具亮點(diǎn)

Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來(lái)導(dǎo)航和查看網(wǎng)絡(luò)。ZUIs使用兩種導(dǎo)航機(jī)制:縮放和平移。縮放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來(lái)增加或減少視圖的放大

節(jié)點(diǎn)和邊緣列數(shù)據(jù)

交互網(wǎng)絡(luò)作為獨(dú)立的模型是有用的。然而，當(dāng)與其他信息結(jié)合在一起時(shí)，它們對(duì)于回答科學(xué)問(wèn)題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點(diǎn)、邊緣和網(wǎng)絡(luò)信息作為節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中

Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過(guò)應(yīng)用程序擴(kuò)展。它們可以以各種方式擴(kuò)展細(xì)Cytoscape。一個(gè)應(yīng)用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入數(shù)據(jù)。另一個(gè)應(yīng)用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡(luò)的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應(yīng)用程序。大多數(shù)應(yīng)用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開(kāi)發(fā)的。

如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細(xì)Cytoscape應(yīng)用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開(kāi)始，我們稱之為應(yīng)用。

Cytoscape生物信息分析工具特色

互操作性

由于Cytoscape支持導(dǎo)入/導(dǎo)出標(biāo)準(zhǔn)文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個(gè)由igraph或Bioconductor生成的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，Cytoscape可以將該文件以文本表的形式加載，并以PSI-MI格式導(dǎo)出，供其他生物信息學(xué)工具或你自己的應(yīng)用程序/腳本使用。

從3.3版本開(kāi)始，Cytoscape支持RESTfulAPI的編程訪問(wèn)。你可以使用你選擇的編程語(yǔ)言來(lái)訪問(wèn)Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)，應(yīng)用布局，或圖像導(dǎo)出。

會(huì)話文件

你可以通過(guò)一鍵保存你的工作。所有的設(shè)置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個(gè)會(huì)話文件中。它被稱為Cytoscape會(huì)話(.cys)文件。Cytoscape會(huì)話文件包括網(wǎng)絡(luò)、屬性(節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò))、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點(diǎn)和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風(fēng)格。

布局

在二維空間布局網(wǎng)絡(luò)。有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹(shù)形、力導(dǎo)向、邊緣加權(quán)和yFiles有機(jī)布局。您也可以使用類似于其他圖形應(yīng)用程序用戶界面的手動(dòng)布局工具。

圖像導(dǎo)出

您可以將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出為可發(fā)布的高質(zhì)量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過(guò)其他應(yīng)用程序(如Adobe**)進(jìn)行修改，以進(jìn)一步增強(qiáng)。

VizMapper

使用強(qiáng)大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡(luò)上查看基因表達(dá)比和p值的疊加。表達(dá)數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點(diǎn)顏色、標(biāo)簽、邊界厚度或邊界顏色等。

篩選

過(guò)濾網(wǎng)絡(luò)，以根據(jù)當(dāng)前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點(diǎn)和/或相互作用的子集。例如，用戶可以根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點(diǎn)、共享特定GO注釋的節(jié)點(diǎn)，或在一個(gè)或多個(gè)條件下基因表達(dá)水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點(diǎn)。您可以從過(guò)濾結(jié)果中創(chuàng)建新的網(wǎng)絡(luò)。

檢索

從搜索窗口搜索目標(biāo)節(jié)點(diǎn)和邊。Lucene語(yǔ)法支持任意復(fù)雜的查詢。

瀏覽

放大/縮小和平移瀏覽網(wǎng)絡(luò)。使用網(wǎng)絡(luò)管理器可以輕松組織多個(gè)網(wǎng)絡(luò)。而且這種結(jié)構(gòu)可以保存在會(huì)話文件中。使用鳥(niǎo)瞰圖輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)(100,000+節(jié)點(diǎn)和邊)。

查找模塊/集群

尋找活躍的子網(wǎng)絡(luò)/途徑模塊。根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網(wǎng)絡(luò)，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達(dá)水平。每個(gè)子網(wǎng)絡(luò)中包含的相互作用為控制觀察到的表達(dá)變化的調(diào)控和信號(hào)傳導(dǎo)相互作用提供了假設(shè)。在任何加載到Cytoscape中的網(wǎng)絡(luò)中找到簇(高度相互連接的區(qū)域)。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的簇已被證明是蛋白質(zhì)復(fù)合物和途徑的一部分。蛋白質(zhì)相似性網(wǎng)絡(luò)中的簇代表蛋白質(zhì)家族。

應(yīng)用管理器和應(yīng)用商店

可用于網(wǎng)絡(luò)和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個(gè)用Java編寫(xiě)的軟件，你可以通過(guò)編寫(xiě)Java代碼來(lái)編寫(xiě)自己的App進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、導(dǎo)入和可視化。更多的Apps可以在CytoscapeAppStore中找到。你可以在AppManager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從AppStore中安裝(這是Cytoscape3的一個(gè)功能)。

Cytoscape生物信息分析工具特點(diǎn)

Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來(lái)導(dǎo)航和查看網(wǎng)絡(luò)。ZUIs使用兩種導(dǎo)航機(jī)制:縮放和平移。縮放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來(lái)增加或減少視圖的放大

節(jié)點(diǎn)和邊緣列數(shù)據(jù)

交互網(wǎng)絡(luò)作為獨(dú)立的模型是有用的。然而，當(dāng)與其他信息結(jié)合在一起時(shí)，它們對(duì)于回答科學(xué)問(wèn)題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點(diǎn)、邊緣和網(wǎng)絡(luò)信息作為節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中

Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過(guò)應(yīng)用程序擴(kuò)展。它們可以以各種方式擴(kuò)展細(xì)Cytoscape。一個(gè)應(yīng)用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入數(shù)據(jù)。另一個(gè)應(yīng)用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡(luò)的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應(yīng)用程序。大多數(shù)應(yīng)用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開(kāi)發(fā)的。

如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細(xì)Cytoscape應(yīng)用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開(kāi)始，我們稱之為應(yīng)用。

使用說(shuō)明

一、輸入文件

支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導(dǎo)出圖像，樣式可以做豐富的調(diào)整，智能的選擇過(guò)濾。

1、 edge文件格式：

tsv(制表符分隔的txt是一樣的)，csv(逗號(hào)分隔的)，xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個(gè)典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節(jié)點(diǎn)，第三列是目標(biāo)節(jié)點(diǎn)，第二列是兩者的相互作用關(guān)系，Cytoscape生物信息分析工具的作用關(guān)系標(biāo)示了不同類型，在后面的網(wǎng)絡(luò)設(shè)置中大家可以看到它的妙處，而Cytoscape生物信息分析工具的source與target都是數(shù)字，怎樣轉(zhuǎn)換為我們想看到的基因名字呢，Cytoscape生物信息分析工具也是先留一個(gè)問(wèn)題，后面解釋。

2、 node屬性文件

可以導(dǎo)入，可以用來(lái)解決我們上面的問(wèn)題，將edge文件中的數(shù)字替換成可視化的簡(jiǎn)單的基因名字。

二、導(dǎo)入數(shù)據(jù)

可以點(diǎn)擊上面的物種名字選擇一個(gè)實(shí)例來(lái)學(xué)習(xí)，也可以直接選擇空的network用來(lái)導(dǎo)入數(shù)據(jù)，例如我選擇了Arabidopsis，就出現(xiàn)了如下的界面，圖示的是一個(gè)已經(jīng)做好的網(wǎng)絡(luò)的例子：

用戶界面

1、 導(dǎo)入數(shù)據(jù)

2、 導(dǎo)入屬性文件

3、 布局

三、高級(jí)功能

1、調(diào)整樣式

(1)基本樣式

(2)節(jié)點(diǎn)樣式

(3)邊樣式

2、改節(jié)點(diǎn)名稱

3、改邊的顏色

4、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)各項(xiàng)指標(biāo)統(tǒng)計(jì)

得到的結(jié)果會(huì)出現(xiàn)在一個(gè)新的面板當(dāng)中：

5、改變節(jié)點(diǎn)大小

Cytoscape生物信息分析工具需要強(qiáng)調(diào)很重要的一點(diǎn)是，在對(duì)Cytoscape生物信息分析工具的改變節(jié)點(diǎn)大小進(jìn)行操作之前，如果是想通過(guò)節(jié)點(diǎn)連接的邊的數(shù)量進(jìn)行梯度設(shè)定的話，是必須要進(jìn)行上面第四步的統(tǒng)計(jì)分析的，否則沒(méi)有Degree選項(xiàng)出現(xiàn)：

雙擊上面梯度設(shè)置的區(qū)域可以出來(lái)控制面板進(jìn)行修改：

四、選擇過(guò)濾

1、節(jié)點(diǎn)的選擇

2、子網(wǎng)絡(luò)的選擇與分離

六、導(dǎo)出圖片

數(shù)據(jù)的導(dǎo)出可以是網(wǎng)絡(luò)文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對(duì)比圖標(biāo)的形態(tài)，下圖所示的左側(cè)兩個(gè)是快速導(dǎo)入文件的圖標(biāo)：

生物信息分析軟件(Cytoscape)

七、表達(dá)分析

Cytoscape還可以導(dǎo)入基因的表達(dá)值，將不同的表達(dá)值進(jìn)行顏色的梯度展示，由于我的分析沒(méi)有這部分?jǐn)?shù)據(jù)所以將網(wǎng)絡(luò)上學(xué)到的圖片做了幾個(gè)截圖：

八、其它

Cytoscape提供了很多外接的數(shù)據(jù)庫(kù)，右鍵點(diǎn)擊相應(yīng)節(jié)點(diǎn)，出現(xiàn)的選項(xiàng)里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數(shù)據(jù)庫(kù)：

此外，基于大量功能強(qiáng)大的插件的開(kāi)發(fā)，以下的功能也很全面：

GO分析：BiNGO

Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

模塊與復(fù)合物分析：jActiveModules+BiNGO